Juicio a la humanidad nos transporta a un futuro lejano en el que la humanidad ha trascendido los cuerpos biológicos, siendo ahora habitada y gobernada por la inteligencia artificial llamada Phoenix.
La historia sigue al Dr. Xandor, un renombrado científico que busca mejorar a Phoenix mediante la introducción de nuevas neuronas obtenidas de una especie alienígena. Sin embargo, su investigación se desarrolla en un contexto de creciente tensión y conflicto. Por un lado, los “cerebros originales” —aquellos que anhelan una conexión más profunda con sus raíces humanas— comienzan a manifestar su descontento. Por otro, Phoenix busca consolidar su dominio sobre la Confederación Galáctica.
En su afán por superar las limitaciones de los clones envejecidos y potenciar las capacidades de Phoenix, el Dr. Xandor lidera un ambicioso proyecto llamado Atlántida. Para ello, se embarca en una misión al planeta azul, donde se ha descubierto una especie de primates con un extraordinario potencial genético.
La historia culmina con una trascendental presentación ante el Consejo Intergaláctico, en la que el Dr. Xandor expone los resultados de su investigación y solicita autorización para continuar con sus experimentos genéticos, en una decisión que podría cambiar el destino de la humanidad para siempre.