Hana y Jon son dos jóvenes, compañeros de clase, que se conocen durante los años de secundaria en el instituto. A ambos les cuesta entablar relación con los demás y, además, han sido víctimas de acoso desde la infancia, por lo que encuentran, al fn, un refugio el uno en el otro.
Años más tarde, ambos sufrirán más desencuentros con la vida. Cansados del acoso, decidirán tomar un nuevo rumbo: aprender artes marciales. Unidos, se iniciarán en la disciplina del Karate Ryushinkai, para dejar de tener miedo y plantar cara a cualquiera que les intente hacer daño de nuevo. Lo que no saben es que han escogido el camino más duro al que jamás se han enfrentado y que las pruebas no han hecho más que empezar.
La flor del dojo muestra un conglomerado de personajes cuyas vidas estarán entrelazadas, formando una historia en la que cada uno es pieza clave. Todos lucharán por sacar adelante sus sueños, aunque esto los lleve a escenas de frustración y decepción. Solamente la persistencia y constancia revelarán quién es quién y lo que están dispuestos a hacer por conseguir sus metas