Manuel Hernández Guerra de Aguilar cursó estudios de bachiller y COU en Irlanda y Estados Unidos. Es licenciado en Medicina y Cirugía por la Universidad de Navarra en 1995, y tras una estancia en el Royal Infirmary Hospital of Edinburgh se especializa en Aparato Digestivo en el Hospital Marqués de Valdecilla en Santander. Por último, cursó becado por el Ministerio de Sanidad estudios de doctorado y es Premio Extraordinario por la Universidad de Barcelona en 2008.
Desarrolla su actividad investigadora en el marco de proyectos FIS concedidos por el Instituto de Salud Carlos III como investigador principal y en colaboración con otros centros nacionales e internacionales, y ha realizado estancia becado por la Asociación Española para el Estudio del Hígado en la University College of London y Royal Free Hospital en 2017.
Desempeña labores de docencia dirigiendo diferentes proyectos de innovación docente como profesor del Departamento de Medicina Interna, Psiquiatría y Dermatología de la Universidad de La Laguna en alumnos de Grado de Medicina.
Ha sido vocal de la Asociación Española para el Estudio del Hígado y actualmente ejerce como Jefe del Servicio de Aparato Digestivo del Hospital Universitario de Canarias.