Lo que el corazón esconde narra la historia de la complicada relación entre Daniel y Susana, dos personas que se atraen irremediablemente pero que tienen dos maneras diferentes de enfrentarse a la vida; mientras que Susana es más introvertida, Daniel se convierte en un mujeriego que no siempre es capaz de controlar su carácter violento. Comenzando por su despertar sexual y siguiendo con los difíciles años de la juventud, mientras su amor se ve complicado por malentendidos, vemos cómo los dos protagonistas se alejan cíclicamente para siempre volver a encontrarse, atrapados por su atracción.
La historia de su pasión se entrelaza con su progresión hacia la vida adulta, dejando ver otras facetas de los personajes, como la importancia de la carrera de Daniel en la medicina, que sirve como marco a muchos puntos clave de la historia.